結論から言うと，ほぼ差別されません．無理に難関医学部をめざさずに，入りやすい医学部を目指してOKだと思います．
私は地方の医学部から地元の医学部附属病院の医局に入局する形となりました．出身大学ではない，外様としての入局になるので，差別されるのではないかとの不安はありました．しかしそれは全くの杞憂でした．
実際，医師として働いて，ある程度の年数が経過しましたが，出身大学による差別は全くありません．純粋にそれぞれの医師の能力で評価されているという印象です．
ただ，おそらく難関大学になればなるほど，医学生のうちから研究マインドが養われる空気になると思いますので，将来論文をバンバン書いて出世してやるというモチベーションを持つ医学生が多くなる気がします．私は地方の国立医学部でしたが，あまり研究マインドは植えつけられませんでした．まぁ，もともと自分は研究職になる気はゼロで臨床医をやりたいと思っていましたので，何の問題もないことでした．（そして現在も大学院には入っておりません．）
ところで，出身大以外の医局に入局して馴染むコツはなんでしょうか？それは初期研修から入局先の大学病院を選ぶことだと思います．初期研修医の頃から将来の希望の病院・希望の科をある程度長い期間ローテートすると嫌でもそこの先生方と仲良くなれますし，可愛がってもらえます．おそらく，その大学出身で，外病院で初期研修を行った人よりも寧ろ早く馴染めます．
初期研修医の頃から，可愛がってもらえれば，もうそこはホームとなります．あとは自分の能力・努力次第ですが，ある程度の能力があれば，相応に認められ，重宝されます．
なので，医学部を目指す方は，特に研究医を目指すわけではないのであれば入りやすい大学に入ることが近道だと思います．（それでも相当な難関ではありますが．）
外様は教授選で不利になるという話はあるかもしれませんが，そもそも教授とは研究職であり，もともとフツーの臨床医志望であれば全く関係のない話だと私は思うのです．
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